Tudingan tersebut akhirnya dibantah oleh pihak Pondok Ngruki. Petinggi BNPT tersebut diklaim telah salah dalam memaparkan data kepada publik. Dengan tudingan tersebut, dinilai merugikan nama baik lembaga. Bantahan tersebut diutarakan ustadz Muchson selaku Humas Ponpes Al Mukmin melalui jumpa pers yang dilaksanakan Pondok Ngruki pada Rabu (8/6/2022).
“Bahwa salah satu Pendiri Pondok Pesantren Al Mukmin Ngruki bernama Abdullah Baraja, Bukan Abdul Qadir Hasan Baraja,” terangnya.
Disebutkan ustadz Muchson, bahwa Abdullah Baraja sudah meninggal dunia pada tahun 2007. Oleh karena itu, ia menyatakan bahwa tidak ada kaitan antara Abdullah Baraja pendiri Pondok Pesantren Al Mukmin Ngruki dengan NII maupun dengan organisasi Khilafatul Muslimin.
